AHJASA surgió a inicios de la década de los 90s, fue fundada por 17 comunidades del área rural. Hoy en día cuenta con aproximadamente cuatrocientos comunidades asociadas. Su creación fue el resultado de un conjunto de circunstancias y necesidades sentidas tanto por las comunidades como por las instituciones involucradas en el sector de agua y saneamiento.

A finales de los 80”s después de grandes esfuerzos por ampliar la cobertura de los servicios de agua potable, especialmente en el área rural, las instituciones experimentaron algún nivel de problemas en la sostenibilidad de los mismos. En vez de funcionar para 20 años de acuerdo con sus diseños originales, la mayoría de los sistemas no estaban funcionando a su capacidad y muchos habían dejado de servir pocos años después de haber sido inaugurados.

En 1990 un representante de la Asociación de Agua Nacional de Agua Rural (NRWA) de los EUA a través de su programa IRWA (Asociación internacional de Agua Rural) se familiarizó con los problemas de agua potable en Honduras. IRWA propuso investigar el tipo de problemas que enfrentaban las comunidades para mantener los servicios y evaluar el interés a nivel comunal de formar una asociación.